傳統的冷凍干燥機由程序步進器進行機械控制，其觸點繁多，故障頻繁，維修不便，嚴重影響冷凍干燥機的正常工作，對產品的質量也產生了很大影響。FX2冷凍式干燥機采用小型PLC對整個冷凍干燥機運行系統進行控制，可實現較高的自動化程度，并完成智能控制、狀態顯和故障報警等任務，同時還提供良好的人機界面與操作員進行交互，使得修改各種參數簡單、易行，對于機械設備的運行能及時、快速、準確的反映。其控制系統結構清楚、線路簡單、工作可靠、同時設置了受動/自動控制開關，使得系統維護更加方便，減輕了工人的勞動強度，提高了系統的穩定性和可靠性。本控制系統具有干燥機凍干曲線設定、除霜、滅菌、在線清洗、真空控制、干燥狀態檢測、故障報警和維修檢查的功能。 

FX2冷凍式干燥機控制系統能進行全自動的凍干控制，包括預凍、加熱、抽真空、壓塞、放氣、除霜、滅菌等。在編程器上可以顯示溫度、壓力、時間、周期、狀態等，也可以顯示報警信息。 

采用凍干曲線和設備運行全自動方法時，可由微機編程，凍干流程顯示可用熒光屏或模擬板兩種方式，可在微機上對PLC編程，并能提供所有軟件設備。軟件可記錄各運行設備運行的時間和歷史記錄，隨機和定時打印數據、報表、曲線等，同時記錄多項故障和事件發生。多點記錄儀可顯示制品、導熱液、真空冷凝器的溫度和干燥腔室、真空泵的真空度，同時還對冷凝器的溫度進行報警。必要時能夠進行人工干預。